光合细菌可有效防止细菌、真菌感染和降解有害污染物，能防治动物的病虫害和瓜果类腐败及老化，延长贮藏期。光合细菌加入金鱼的饲料中，成活率提高50%以上，加入对虾池中发病率减少，对虾苗生长正常，色泽好。用光合细菌喂鸡,有增加肉用仔鸡免疫功能的作用。当受到病原体（IBV）感染时，鸡的抗体水平提高，发病减轻，鸡体健康恢复较快，Y-球蛋白明显升高。
光合细菌可作为果蔬保鲜剂，能抑制病菌引起的病害，对密桔和西瓜等的保藏有良好的作用,光合细菌防止病害的主要原因是因为它具有杀菌作用,能抑制其他有害菌群及病毒的生长；同时可防治鱼虾疾病，如鲤鱼的鳃腐病，穿孔病、虾的红腿病，黑鳃病，并能激活机体的免疫系统，提高动物的免疫能力。
