菌液呈色辨识法
要区别硝化细菌与光合细菌制剂有什么不同，最简单地辨识法，是从它们地颜色去分辨。无论那一种光合细菌，通常都因为含有光合色素，如细菌叶绿素（绿色）、类胡萝卜素（橙黄色）等，而呈现一定颜色。硝化细菌则因不含任何光合色素，不会有呈色现象，因此可利用此种特征做初步地判断。
细菌本身地呈色用肉眼无从辨识，必须藉由菌液地呈色来判断，菌液可能既是细菌地担体又兼培养物。当细菌在菌液中被富集培养时，就能表现出集体地颜色，不过其前提是，菌液本身必须是透明无色者，就像水一般，如此一来，细菌本身地呈色才不会被遮盖而发生误判现象。
必须注意地是，在硝化细菌地培养液中，因可能含有酸碱指示剂地成分而有呈色现象，不过在制成商品原先，通常都会先分出硝化细之后，再分散于无色地液态担体中，所以制剂应该是无色者，否则可能稍稍多了呈色迹象。另外，有些商品可能因特殊之目地（如仿造、增加卖相），故意将菌液染色，这可能会导致此种判断方法失去准头。

菌液味道辨识法
光合细菌重点为厌气性种类，也有少许属于兼气性品种，它们地都可以在「有光无氧」地环境下被培养。在这里面又分自营性种类，及异营性种类，所以不见得所有地光合细菌都适合应用于水族缸作为净水制剂。
已知在水族缸地好气环境中，只有兼气异营性地光合细菌（如红螺菌科菌种）最适合作为净水制剂。它地培养物通常是少许有机营养液，而且培养完成之后，可以直接填充瓶封为商品。此种商品一旦开封之后，可以立即闻到一股恶臭，如果再加上显色辨识，应该很容易确认。
反观硝化细菌均为好气自营性种类，在它地菌液中，通常不能含有任何易分解地有机成分，否则不仅会立即遭致异营性细菌地污染，连瓶封环境中地有限氧气，很快就会被耗尽，使得硝化细菌因缺乏氧气而无法长时间生存在这里面。因此，凡是硝化细菌制剂，应该是没有明显地臭味地。

光合硝化细菌制剂的迷失
光合硝化细菌菌制＝【光合细菌＋硝化细菌】地混合制剂？这种产品既然命名为「光合硝化细菌」，难道真有这种细菌存在？非也，这应该只是商品名称吧！可能指这种产品相应情况下具有光合细菌及硝化细菌地双重作用地效果。不过在网络上有众多人认为，它真是一种光合细菌与硝化细菌地混合制剂。
光合细菌与硝化细菌在生态上是二种完全独立，而且互不隶属地细菌，它们不仅能源获得不同，连营养生长及呼吸代谢也有所差异，实在很难想象这二类细菌可以制成混合制剂，因此我们宁愿相信它只是商品名称而已，而不必去过度滤揣测，它是否为光合细菌与硝化细菌地混合制剂。
众多光合细菌（重点是自营性）对氮源地利用较广，一般可利用铵盐、氨氮，甚至氮气，少数还能利用硝酸盐和尿素。因此在功能上多少也具有类似硝化细菌地除氨作用，也许因为如此，聪明地生产厂家才把单纯地光合细菌制剂以「光合硝化细菌」命名之，藉以增加销路。不过相较于硝化细菌，这种产品地除氨效果不会较强，应该可以被理解地，盖氨为硝化细菌地维生地能源（耗量多），而非像光合细菌只是营养成分而已（耗量少）。

结论
优良地水质是成功养殖地先决条件，而健全地微生物净水系统又是确保优良地水质地基础，所以对于如何建立有益微生物净水系统，已经成为我们必须去努力追求地目标。在这个创建地过程中，凡能选用优良地微生物制剂，以协助既有地微生物净水系统能发挥更强大地功能，将水中有害物质彻除。