众所周知：天然水体的净化系统中是离不开细菌和藻类，细菌和藻类是净化水质、让受到有机质污染的水体恢复正常水质的重要一环。在自然水体中、养殖池塘中，由于人工投料、光合作用等，水体主要的污染是有机碳、有机氮。
在有机碳、有机氮不超负荷、阳光和水温相适应的条件下，水体中的好气性细菌会把池塘中有机碳、有机氮等有机污染物氧化分解为NH4+、PO43-、CO2等无机产物和有机酸释放在水体。池塘水体中的藻类通过光合作用把这些好气性细菌的代谢产物作为营养源,合成自身的细胞。养殖滤食性鱼的池塘，鱼也会摄食微藻和微生物合成自身蛋白质。这就完成了这个池塘中的碳循环和氮循环整个过程，水质恢复到正常。

可以看出：水体的生态净化系统并不是仅仅通过定期向水体补充有益菌、定期向水体补充有机碳和微量元素就能够达到菌–藻间的平衡。
水体菌–藻是否平衡,取决于：
1、水体中的微生物否能完全的、及时的分解池塘中的有机碳、有机氮。
2、藻类能否完全的、及时的把微生物的分解物再合成为有机质恢复水质。也就是说：微藻、微生物能否在数量上成互补的比例。
3、当时的水温、阳光是否有利于微藻光合作用、是否有利于微生物的生长繁殖过程中氧化、分解有机质。
4、水体有机碳和有机氮是否超负荷，超出了池塘微藻、微生物的净化容量。
如果由于投料太多或者滥用有机碳，就可能会导致超出微生物的分解能力或水体溶解氧无法正常微生物的分解，就会导致微藻无法及时摄取、清理水体中微生物的分解物，将会导致池塘中有机碳和有机氮等有机质的堆积、微生物的代谢物堆积，池塘底部、水质恶化。

在有机质过于丰富的池塘，不仅应该慎泼洒糖蜜、慎滥投料，还需要通过化学手段，减少可溶性的有机质，才能够维持菌藻平衡，达到净化水质的目的。
池塘底泥、水体黒臭的原因
池塘底泥和水体“黑臭”表明池塘中已经菌藻不平衡，池塘有机碳、有机氮太多，池塘已经缺氧,有机碳、有机氮等有机质在厌氧微生物分解下，大量产生如胺类[CH3NH2,(CH3)3N]、硫化氢、氨等的臭味气体。同时由于底泥和水中的铁、锰等重金属还原,与水中的硫离子形成硫化亚铁等使水体呈现黑色。
池塘水体、底泥出现黒臭，也就是意味着，这个池塘的水体净化系统中的有机碳、有机氮等有机质已经超过了池塘能够承担的净化能力，水体中藻—菌已经不平衡了。
在藻–菌平衡的净化生态系统中，菌藻之间是如何互补和达到平衡。