茵衣藻是一种模型绿色微藻，能够利用醋酸异养生长。尽管含有完整的β氧化基因，但不能在脂肪酸上生长。最近的报道表明，藻类优先隔离而不是分解脂酰链，来用作快速重建膜。我们收集了一系列过氧化物酶体生物发生所需的潜在衣藻过氧化物素（PEXs），以表明莱茵衣藻具有一套完整的过氧化物酶体生物发生因子。为了确定过氧化物酶体参与外源性脂肪酸的代谢，我们检测了在不同营养条件下表达与过氧化物酶体蛋白N端或c端肽融合的荧光蛋白，同时加入荧光标记的棕榈酸。在光照和黑暗，有或者没有乙酸作为碳源的条件下，使用共聚焦显微镜跟踪过氧化物酶体。在细胞中，鉴定了四个主要的隔间，包括： (1)乙醛酸循环酶标记和含有过氧化物酶体靶向信号1（PTS1）三肽但缺乏脂肪酸标记，(2)脂肪酸标记，(3)乙醛酸循环酶标记，(4)PTS1标记。不到5%的隔间同时含有脂肪酸和过氧化物酶体标记物。对光学切片图像的统计分析发现，莱茵衣藻在细胞中同时携带不同的过氧化物酶体群体，并根据光照条件调节过氧化物酶体的含量。另一方面，无论培养条件如何，同时含有脂肪酸和过氧化物酶体标记物的隔室的比例都没有显著变化。结果表明，β-氧化在莱茵衣藻的过氧化物酶体群体中可能发生率较小，这支持了藻类中脂肪酸的主要代谢偏好是脂质生物合成而不是β-氧化的观点。