植物与细菌的亲密相互喂养

Trends in Plant Science:植物如何通过根系分泌物喂养根部菌群?

植物的根系分泌物可由植物根尖边缘细胞、植物内生菌分泌其代谢产物并转运至植物根围,也可由植物根围菌群分泌其代谢产物并转运至植物根内;② 根系分泌物中含有糖类、磷酸糖类、氨基酸、有机酸、核苷酸、脂肪酸、无机物、次级代谢产物、激素等,分别通过不同的转运蛋白家族运输;③ 植物将糖类、有机酸、脂质传递给根部菌群,菌群将磷、氮及其它营养元素传递给植物;④ 与植物与菌群之间的营养及信号分子运输相关的转运蛋白有待进一步研究。

植物和微生物代谢产物网络
植物和微生物代谢产物网络

Nature Methods:如何全面、客观地评估宏基因组分析方法?

宏基因组解析的批判性评估(CAMI)旨在全面、客观地评估宏基因组分析方法,通过社会团体参与标准数据集、评估流程、性能标准的选择以及聚集的问题的设计而建立标准;② CAMI以来自近700个新测序的微生物和近600个新病毒、质粒的高度复杂真实数据集为基准;③ 基因组组装和聚类在检测个体化基因组时性能良好,但易受其它相关菌株的影响;④ 分类分析和聚类在高分类级别上表现良好,科以下水平性能下降,参数设置明显影响性能。

宏基因组
宏基因组

Food Hydrocolloids:体外培养环境粘性不同,长的肠道细菌不同

胃肠模拟器的四个隔室内充满肠道营养培养基(GNM),添加不同浓度的琼脂(0、0.30、0.45和0.60%),在0、24和48小时三个时间点收集样本;② 随着时间的推移,GNM琼脂与粪便菌群孵育改变培养基粘性,甚至包括温度和pH值恒定的条件下;③ 琼脂为0时粘性随时间轻度增加,琼脂浓度增加时粘性随时间下降;④ 粘性增加有利于厌氧菌和梭状芽孢杆菌生长,需氧菌和肠球菌属的生长则与粘性负相关;⑤ 肠道粘性选择性修饰菌群组成,食物粘性影响胃肠系统。

胃肠模拟器
胃肠模拟器

Critical Reviews in Food Science and Nutrition:包裹益生菌,用乳脂球膜糖蛋白靠谱么?

包裹乳脂肪球的乳脂球膜糖蛋白(MFGM),其营养价值和工艺特性已得到验证;② MFGM为三层结构,由磷脂、神经鞘磷脂、膜特异性蛋白质(主要为糖蛋白)等组成,有多种实验室和工业纯化、分离方法;③ MFGM具有抗癌、参与DNA修复、抗菌、抗病毒、抗粘附作用;④ MFGM为自然的乳化剂,可稳定牛奶中的脂肪球;⑤ 采用MFGM来源的磷脂包被生物活性物质,可用于保健品和药物的保护和释放;⑥ MFGM糖蛋白可用于乳酸菌包被,其缺点在于形成的脂质体太小。

工业规模
工业规模

Frontiers in Microbiology:处理废弃活性污泥的厌氧分解池中的主要发酵细菌

厌氧分解中将有机物转换成甲烷需经过水解、发酵、脱氢和甲烷生成四个复杂微生物代谢过程;① 处理剩余污泥的中温厌氧分解系统中,只能用16S基因测序分析绿弯菌门中不可培养的A6种系型里丰度最高的菌属;② 对代表性A6分类群完整环状基因组的注释,提示其主要为化能有机异养型厌氧发酵细菌;③ 荧光原位杂交探针显示A6形态为具有短丝蛋白的絮体,有时与甲烷丝菌属共存;④ 根据基因组和形态将其命名为Brevefilum fermentans gen. nov. sp. nov。

厌氧分解
厌氧分解

Frontiers in Microbiology:束毛藻属聚集体中的菌群

束毛藻属聚集体由束毛藻属中的某些进化枝及其表面寄生的微生物组成,分析束毛藻属聚集体相关微生物组的多样性及功能;① 最优势种为束毛藻属类群I(铁氏束毛藻),表面寄生菌群以拟杆菌门、α及γ变形菌纲为主导;② 束毛藻属为带有III型nifH(编码固氮酶)序列类群的III型固氮菌的栖息地;③ 表面菌群大多营富营养的生活方式,与磷、铁及脱氮途径相关的基因含量丰富;④ 束毛藻属聚集体上的微生物群落影响其在浮游环境中的地球生物化学功能。

束毛藻属聚集体
束毛藻属聚集体

Nature:IL-22如何促进肠道上皮再生?

利用体外类器官培养,发现在肠道受损后,3型天然淋巴细胞(ILC)可产生IL-22促进小鼠小肠类器官生长;② 重组IL-22可直接靶向肠道干细胞(ISC),促进小鼠及人的肠道类器官生长及ISC的增殖;③ 在Lgr5+ ISC中,IL-22诱导STAT3的磷酸化,后者对于类器官形成及IL-22介导的肠道上皮再生十分关键;④ 小鼠接受骨髓移植后经IL-22处理,可增强ISC的恢复,增加上皮再生,减少肠道病理及移植物抗宿主病。

IL22
IL22

Nature:3型天然淋巴细胞促进肠道修复

① Lindemans等人发现,3型天然淋巴细胞(ILC3)能调控肠道干细胞(ISC)的活性,促进受损的肠道上皮再生;② 体外培养肠道上皮类器官的实验表明,肠道上皮受损后,位于肠道隐窝下面的ILC3被激活并分泌IL-22,直接作用于ISC,触发ISC内的STAT3磷酸化,通过刺激ISC增殖来修复肠道上皮;③ 用IL-22治疗患有移植物抗宿主疾病(GvHD)的小鼠,可促进ISC的恢复和肠道上皮细胞的再生;④ 该发现可能有助于临床上缓解由骨髓移植导致的GvHD。

3型天然淋巴细胞
3型天然淋巴细胞

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