在微藻连续和半连续培养阶段，藻类自身会产生一些抑制物对代谢生长产生抑制，例如自养生物生长时pH会不断下降到4左右，如果不加碱中和生长会停止，后来鉴定是卡尔文循环中间物OAA草酰乙酸堆积和泄漏。
出于C利用率的考量自养生物向胞外分泌大分子物质不是一个经济的策略，但在胁迫条件下，如果付出部分细胞的破碎获得种群的延续也是一种生存策略，细胞自噬分泌一些大分子有机物，这些大分子有机物中就有很多我们需要的活性物质。
对于产生了抑制的情况，一般在疫苗生产工艺中会采用膜过滤连续式反应器，通过分子量不同，将不需要的抑制物过滤掉，类似有机溶剂纳滤膜 方案，保证生长的连续。
同时也可以考虑用动力学的方案解决，可以参考发酵动力学的书籍，主要需要测定无机底物的消耗量，底物抑制浓度和比生长速率，用培养基补料稀释反应物。稀释度等于比生长速率，底物补加速率和底物浓度需要通过底物堆积和利用率计算，基于莫纳德方程的连续培养模型可以计算，结合工艺。